La institución posee dos entidades de Ciencia e Innovación Tecnológica: el Hospital General Docente Dr. Juan Bruno Zayas Alfonso y TOXIMED. También posee una comisión de grado científico, autorizada para la formación doctoral en Ciencias Médicas Básicas, Clínicas y Quirúrgicas, que incluye los procesos que se desarrollan en las universidades de Ciencias Médicas de Holguín, Granma y Guantánamo.

La actividad científica integrada con la educación de posgrado logra mayor pertinencia en la organización por líneas de investigación, en correspondencia con las prioridades investigativas del sector de la salud y las necesidades del proceso de formación en Educación Médica. Se producen avances en la introducción y generalización de los resultados científicos y las tecnologías sanitarias.

Se continúa creciendo en la infraestructura de la red y su equipamiento para mejorar las condiciones de trabajo y estudio de la comunidad universitaria. Actualmente se cuenta con laboratorios especializados de ciencias básicas y de informática, y con aulas especializadas que, junto al uso de dispositivos alternativos de estudiantes y profesores contribuyen a la calidad del proceso formativo.

Existen 31 cátedras honoríficas y 37 multidisciplinarias, 66 proyectos comunitarios y 73 grupos científicos estudiantiles, que ejercen una influencia importante en la comunidad universitaria y extrauniversitaria en las comunidades priorizadas con un elevado reconocimiento por las autoridades políticas y de gobierno del territorio. Se logra la participación protagónica del movimiento de artistas aficionados y deportivo de la FEU.

En los últimos cinco años aumentaron los reconocimientos a la actividad científica de profesores y estudiantes, así como los reconocimientos de otras entidades nacionales y territoriales; además, se perfeccionó el proceso para la entrega de medallas, condecoraciones y distinciones.

En el año 2008, como parte del perfeccionamiento de la educación superior, la Universidad se insertó en los procesos de evaluación de la calidad, con el inicio de la acreditación de sus carreras y, más tarde, de las maestrías; luego, en el 2012, de la institución.

Entre el 2017 y 2018 fueron acreditadas las carreras de Medicina 1 y 2, Estomatología y Enfermería con la condición de certificadas, que también se les otorgó a 3 maestrías y otras 2 se acreditaron como de excelencia. El 100 % de los programas acreditables están evaluados. En el 2019 se inició la evaluación de las especialidades con Dermatología y Medicina Interna. Se desarrollan acciones de autoevaluación dirigidas a la acreditación de las especialidades médicas y estomatológicas.

La Universidad ha apropiado la práctica de la gestión de la calidad desde el enfoque de mejora continua, como una cultura necesaria para elevar los estándares de sus diferentes procesos, en respuesta a los propósitos del MINSAP que declara dentro de sus objetivos de trabajo: “Consolidar las estrategias de formación, capacitación e investigación”. De esta forma la Universidad aporta a satisfacer la necesidad de incrementar la calidad de los servicios de salud, y elevar los indicadores del estado de salud de la población.

En el 2012, la institución obtuvo la categoría de Certificada. En el dictamen emitido por la Junta de Acreditación Nacional se reconocieron 28 fortalezas e identificaron 15 debilidades (de ellas tres no se ajustan al contexto actual). En el presente se constata la sostenibilidad de fortalezas relacionas con la participación activa de la comunidad universitaria en los programas priorizados del sector salud en el país, la provincia y los municipios, la consolidación de las actividades y proyectos de promoción de salud y el protagonismo de los estudiantes en el quehacer científico, cultural, deportivo y político ideológico. Además, se continúa elevando el nivel académico y científico del claustro y el impacto de los profesionales de la salud formados en la prestación de servicios en Cuba y el cumplimiento de misiones internacionalistas.

El seguimiento al plan de mejora ha permitido atender 12 debilidades logrando avances sustanciales en nueve de ellas. Se continúa trabajando en las acciones dirigidas a los resultados de la estrategia de grado científico, el incremento del número de publicaciones y la sostenibilidad de los resultados en las evaluaciones a la gestión económica.  En el control externo de la XII comprobación del Control Interno efectuado por la Contraloría General de la República en noviembre del 2017, la institución mostró resultados insatisfactorios, lo cual impidió la realización de la evaluación externa. El plan de acción desarrollado permitió en el re-control realizado por el órgano designado, evidenciar resultados aceptables.

La estrecha relación de la Universidad con el entorno local, nacional e internacional, posibilita el cumplimiento de su misión, sustentado en la implementación práctica de los Lineamientos de la Política Económica y Social del Partido y la Revolución; las directrices, los acuerdos y las prioridades aprobadas en el VII Congreso del Partido Comunista de Cuba y en su Primera Conferencia Nacional y en los objetivos de trabajo del MINSAP.